נדירים המקרים בהם יש לקורבנות ושורדי עינויים גישה לראיות חיצוניות שיכולות לאשש את טענותיהם. פעילות הזיהוי והתיעוד הרפואית-משפטית מבקשת לשנות את המציאות הזו ולהציע לאנשי מקצוע ולפעילים בסיס אתי וכלים מקצועיים לתיעוד העינויים או ההתעללות שמתלוננים טוענים שעברו. הכלי המרכזי בו משתמש ומקדם הארגון בתחום פעילות זה הוא “פרוטוקול איסטנבול”, והוא הגוף היחידי בישראל בעל הידע לביצוע הערכות והכשרות מקצועיות לפי עקרונותיו.