הצוות המשפטי של הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל מייצג נפגעות ונפגעים שסבלו מאלימות מידי כוחות הביטחון הישראליים. הוועד מגיש בשמם תלונות לרשויות המדינה, ודורש כי המקרים ייחקרו וכי האחראים לעבירות הפליליות יועמדו לדין.

בנוסף לייצוג הפרטני, הוועד מגיש עתירות לבג”ץ בסוגיות עקרוניות הנוגעות לשימוש בעינויים וביחס אכזרי, בלתי אנושי או משפיל במהלך חקירות ובנסיבות אחרות; לתנאי כליאה בלתי הולמים; וכן עתירות נוספות הנוגעות לאופן הטיפול והחקירה של תלונות אלה בידי הרשויות הישראליות. מטרתן היא לחזק את מנגנוני האחריותיות (accountability) ולאפשר לנפגעים ולנפגעות הזדמנות למצות את זכותם לצדק.

לצד אלה מקדם הוועד חקירות לנסיבות התעללות ומוות, ומקיים ייעוץ ואבחון פורנזי של עינויים כגוף האמון על הידע המקצועי המיוחד בתחום זה בישראל.