אפרת החלה את דרכה בתחום הסביבתי, שבו פיתחה פרויקטים קהילתיים לשימור מקורות מים משותפים. בהמשך עברה להתמקד בהגנה על זכויותיהם של פליטים וקבוצות מוחלשות, ובמהלך שש השנים האחרונות עבדה כרכזת תיקים, כחוקרת וכמנהלת פרויקטים בישראל ובבריטניה. לאפרת תואר שני בזכויות אדם מ”לונדון סקוּל אוף אקונומיקס”, ותואר ראשון בהיסטוריה של המזרח התיכון ואפריקה מאוניברסיטת תל אביב.